При заряде часть энергии проходящей через ЗУ переходит( за счёт сопротивления батареи) в другой тип энергии- тепло. Чем хуже батарея (больше её сопротивление) тем больше будет разница между залитой ёмкостью и слитой. + конечно саморазряд.