Вариантов много:

1. Скорее всего вводился флектарн постепенно, и сразу обеспечить всю армию было невозможно.

2. Либо он использовался как специальный камуфляж в некоторых родах войск, а затем в 90-х годах его распространили как наиболее удобный и подходящий для всех, который следовал бы новым веяниям.

3. После объединения Германии в 1990 году, решили сделать форму однообразную, и решили ввести флектарн, как унифицированную для всех.

А как на самом деле произходило дело подлино мне не известно, надо в интернете поискать.