В первое время (начало 1980-х) оппозиция пыталась противостоять советским войскам достаточно крупными силами, но уже через несколько месяцев из-за больших потерь в людях перешла главным образом к действиям мелкими группами, то есть стала применять партизанскую тактику действий.
Вместе с тем в приграничных с Пакистаном провинциях Кунар, Нангархар, Пактия, Пактика, округе Хост и в районе Кандагара отмечалось сосредоточение и использование оппозицией крупных группировок (до 4–6 тыс. в течение всех девяти лет войны). Здесь мятежники, как правило, могли не опасаться окружения и полного разгрома, так как в случае появления такой угрозы могли легко уйти в Пакистан. В центральных, северных и западных районах моджахеды постоянно действовали мелкими группами, укрываясь при необходимости среди мирного населения или в труднодоступном для тяжелой техники высокогорье.
Главными принципами ведения боевых действий являлись: избегать прямых столкновений с превосходящими силами регулярных войск; не превращать боевые действия в позиционную войну, отказываться от удержания занимаемых районов в течение длительного времени; нападать внезапно, широко использовать приемы басмаческого движения, а также террор и идеологическую обработку личного состава афганской армии и населения.
Общее руководство мятежным движением на территории Афганистана и в других странах осуществляли штаб-квартиры оппозиционных организаций, находившиеся в Пакистане и Иране. В их состав, как правило, входили несколько комитетов (отделов): военный, разведки и контрразведки, информации, пропаганды, административно-хозяйственный, судебный, финансовый, медицинский и др. Для более гибкого и оперативного управления действиями мятежников в приграничных районах Афганистана, в городах Пакистана (Кветта, Парачинар, Тери-Мангал, Мирамшах и др.) и Ирана (Мешхед, Заболь и др.) большинством оппозиционных партий были созданы свои представительства, которые являлись филиалами их основных штаб-квартир. К числу главных задач, решаемых штаб-квартирами и их представительствами, относились: контроль за действиями вооруженных формирований на территории Афганистана и обстановкой в зоне их ответственности; планирование и проведение вооруженных акций; подготовка и переброска караванов с оружием, боеприпасами и средствами материально-технического обеспечения (МТО) на территории ДРА; финансирование вооруженных групп; создание баз, строительство укреплений, складов различного назначения; организация взаимодействия между формированиями различной партийной принадлежности и т. д.
Непосредственное руководство деятельностью оппозиционных сил на территории Афганистана осуществляли исламские комитеты, созданные в провинциях, уездах, волостях, районах, находившихся под контролем мятежников, а также штабы крупных формирований , объединяющие несколько отрядов и именуемые «фронтами». В функции исламских комитетов и штабов «фронтов» как органов управления на местах входило руководство вооруженными отрядами и координация их действий, осуществление военного и административного контроля в зонах ответственности, проведение вооруженных акций, а также организация антиправительственной пропаганды, пополнение мятежных групп за счет местного населения с последующей отправкой их в центры подготовки, сбор налогов и т. д.
В целях организации более стройной системы управления боевыми действиями вооруженных отрядов, входящих в состав «фронтов», а также централизации материально-технического обеспечения к 1986 году руководство афганской оппозиции приняло решение об активизации деятельности по созданию на их базе военизированных формирований типа полков.
В период ведения боевых действий военные комитеты штаб-квартир осуществляли руководство формированиями с передовых командных пунктов, создаваемых в приграничных с Афганистаном районах Пакистана, как правило, в районах расположения полков. Они же организовывали переброску боевых групп, оружия и боеприпасов, осуществляли взаимодействие.
Руководство исламскими комитетами и полками штаб-квартиры оппозиции осуществляли через своих уполномоченных, которые на месте решали проблемы, возникавшие у мятежников, и конкретизировали их задачи по ведению боевых действий.
По мнению лидеров оппозиции, формирование таких полков упорядочивало управление действиями мятежников и усиливало их боевую мощь. Немаловажным фактором в организации «армейской» структурированной системы оппозиционных сил являлось и то, что за выделяемые финансовые средства приходилось отчитываться перед весьма высокопоставленными лицами и структурами (руководителями стран, политическими партиями), лидерам оппозиции приходилось «набирать вес» и представлять «регулярную» оппозиционную армию, имеющую реальную силу, политический вес и влияние.
