Скорее всего, когда вытащили гарнитуру, размыкающие контакты в гнезде гарнитуры, возможно не замкнулись обратно. Проверьте, еще раз подключив гарнитуру.
Заряжать литиевую батарею будет. Но заряд лития такой зарядкой не совсем уместен. Контроллер, наоборот, отключит контактные площадки от банок, когда напряжение на банках достигнет своего мах значения 4,2 в (для двух банок - 8,4 в соответственно).