Слабыми сторонами партизан были следующие факторы:
Низкий профессионализм командиров, неумение эффективно использовать современное оружие, плохая медицинская помощь раненым.
В большинстве отрядов не хватало младших командиров, имевших тактическую подготовку. Поэтому допускались многочисленные ошибки, например атаки «в лоб», сопровождавшимися большими потерями. А если на тропе, по которой в отряд доставлялись продукты питания, и боеприпасы, появлялся советский заслон, то партизаны предпочитали вступать с ним в бой, вместо того, что бы просто сменить маршрут.
Безграмотные в своем большинстве партизаны имели крайне туманное представление о таких вещах, как баллистическая траектория или динамика взрыва. По этому они редко когда правильно пользовались минометами и реактивными установками. Расход снарядов к ним был непропорционально велик по сравнению с результатами огня. Некоторые авторы, которые писали об Афганском конфликте (Брудерер) утверждают что «моджахеды не умели самостоятельно изготовлять мины, грамотно ставить минные заграждения и фугасы.